Nous découvrons alors une Alice Kingsleigh qui a suivi les traces de son père et a choisi une carrière maritime. Lors de son retour à Londres, elle découvre un miroir magique qui lui permet de revenir au Pays des Merveilles, auprès de ses amis le Lapin Blanc, Absolem, le Chat du Cheshire et le Chapelier Fou, qui ne se sent pas très bien. Puisque le Chapelier Fou a perdu son Je ne sais quoi, La Reine Blanche envoie Alice en mission pour emprunter le Chronosphère, un globe métallique qui se trouve à l'intérieur de la chambre du Grand Horloger qui contrôle le temps. De retour dans le passé, elle tombe sur des amis - et des ennemis – dans différents moments de leurs vies, et se lance dans une course périlleuse contre le temps pour sauver le Chapelier.